primer design 2

유전자 분석을 위한 Primer design.

원하는 target gene의 발현을 확인하기 위해서는 유전자에 맞는 primer가 필요합니다. 숙달되신분들은 쉽게 만들겠지만 저는 초보자를 위한 방법을 적겠습니다. 순서대로 따라오시면 누구나 하실수 있습니다. 화이팅! 우선, 분석하려는 유전자의 variant들이 몇개씩 있습니다. 공통된 부분의 sequence를 찾아야지, 특정 variant의 sequence를 타겟하면 그것만 선택적으로 detection 하게 됩니다. 순서는 다음과 갔습니다. 1. target gene의 variant들의 공통적인 sequence를 찾아야합니다. 2. 공통적인 sequence를 이용하여 primer를 제작합니다. 1번이 조금 시간이 걸리지만 blast를 이용해서 쉽게 찾을 수 있고. 2번 같은 경우는 업체에서 제공하는 ..

Primer 제작 - specificity 확인 방법

에서 primer를 제작하는 방법을 말씀드렸습니다. (클릭 클릭) 몇몇 분이 디자인한 primer가 타깃 유전자만 specific 하게 결합하는지 알고 싶어 하셨습니다. 저도 이후 과정을 적어야겠다고 생각했는데 시간이 없어서 적지 못했습니다. 사실, 복잡한 과정이 아니라서 간단하게 적어보겠습니다. 먼저 NCBI에 들어가셔서 맨 아래 를 클릭해서 들어갑니다. 다른 내용은 잘 모르겠고, 빨간 박스만 채워줍니다. 빨간 박스에 위에 에서 제작한 sequence를 붙여 넣습니다. forward / reverse sequence를 잘 넣어줍니다. 저는 SMAD2를 detection 하는 primer를 제작하였습니다. 아래 보시면 를 클릭해줍니다. *제가 t를 하나 빼먹어서 다시 적었습니다. 아래 결과는 제대로 된 ..