NCBI 2

유전자 분석을 위한 Primer design.

원하는 target gene의 발현을 확인하기 위해서는 유전자에 맞는 primer가 필요합니다. 숙달되신분들은 쉽게 만들겠지만 저는 초보자를 위한 방법을 적겠습니다. 순서대로 따라오시면 누구나 하실수 있습니다. 화이팅! 우선, 분석하려는 유전자의 variant들이 몇개씩 있습니다. 공통된 부분의 sequence를 찾아야지, 특정 variant의 sequence를 타겟하면 그것만 선택적으로 detection 하게 됩니다. 순서는 다음과 갔습니다. 1. target gene의 variant들의 공통적인 sequence를 찾아야합니다. 2. 공통적인 sequence를 이용하여 primer를 제작합니다. 1번이 조금 시간이 걸리지만 blast를 이용해서 쉽게 찾을 수 있고. 2번 같은 경우는 업체에서 제공하는 ..

폐암에서 마이크로RNA-21의 발현/유전자의 차이가 수명을 결정한다.

오늘은 폐암 환자들의 폐조직에서의 마이크로RNA-21의 발현이 생존률에 어떻게 영향을 미치는 지 간단한 빅데이터를 이용하여 살펴볼까합니다. 사실 일반적인 빅데이터가 아닌 생물학을 전공하고 실험을 하는 사람들이 이용하는 전문화된 데이터라고 할 수 있지요. 그 이름은 NCBI에서 제공하는 GEO data 입니다. NCBI (National Center for Biotechnology Information)는 미국 국립생물정보센터 입니다. 거기서 제공하는 GEO (gene expression omnibus) data입니다. 쉽게말해서 실험을 통해 정상적인 사람과 환자들간에 유전자 발현의 차이를 보관하고 있는 거죠. 쉽죠?! 자. 그러면 시작합니다. 분위기를 반전시켜서 질문을 해보겠습니다. "죽음은 누구에게나 ..