[NEB E7330] small RNA Library prep의 기본 원리

 

small RNA를 라이브러리 제작 과정에서 어댑터(adaptor)의 형태와 ligase 선택은 매우 중요합니다. 특히 E7330s NEBNext® Small RNA Library Prep Set for Illumina를 사용하는 경우, 3’과 5’ 어댑터의 화학적 특성과 ligase 효소의 선택 기준에 대해 많은 분들이 혼동을 겪습니다. 이 포스트에서는 해당 키트에서 제공되는 어댑터와 권장 ligase에 대해 명확히 정리해드리겠습니다.
 

✅ E7330s 키트의 3’, 5’ adapter는 pre-adenylated인가요?

• 3’ 어댑터: pre-adenylated된 single-stranded DNA adaptor
• 5’ 어댑터: pre-adenylated되지 않은 RNA adaptor

 
각 adaptor의 염기서열 정보는 E7330s 매뉴얼 16페이지에서 확인하실 수 있습니다.

📄 NEB E7330s 매뉴얼 링크

🔧 adaptor 형식에 따른 ligase 선택 가이드

어댑터의 구조와 ligation 방향성에 따라 사용해야 하는 ligase 효소가 다릅니다:

3’ ligation (ssRNA → pre-adenylated DNA adaptor)	3’ DNA adaptor	T4 RNA Ligase 2, truncated K227Q (#M0351) T4 RNA Ligase 2, truncated KQ (#M0373)
5’ ligation (RNA adaptor → ssRNA)	5’ RNA adaptor	T4 RNA Ligase 1 (#M0204)

특히 stand-alone enzyme으로 사용 시에는 T4 RNA Ligase 2, truncated KQ (M0373) 제품이 가장 높은 ligation 효율을 보이며, NEB에서도 해당 제품을 권장하고 있습니다.

🔎 더 자세한 내용은 RNA Ligase Selection Chart에서 확인하세요.

💡 B0216에 포함된 구성품은?

• T4 RNA Ligase Reaction Buffer
• Adenosine 5'-Triphosphate (ATP)
• 50% PEG 8000

하지만 T4 RNA Ligase 2는 ligation 시 ATP를 사용하지 않습니다.
(Pre-adenylated linker가 필요하며, ATP는 필요 없음)

🔬 truncated ligase의 종류가 2가지(K227Q, KQ)인데 모두 테스트해야 하나요?

두 제품 모두 유사한 기능을 갖고 있지만, 현재까지의 NEB 가이드 및 실험 결과를 고려할 때,
T4 RNA Ligase 2, truncated KQ (M0373) 하나만으로도 충분히 좋은 결과를 얻을 수 있습니다.
 

📌 최종 요약

3’ adaptor	DNA	✅ Yes	T4 RNA Ligase 2, truncated KQ
5’ adaptor	RNA	❌ No	T4 RNA Ligase 1

라이브러리 제작 시 adaptor 형식과 ligase의 조합을 정확히 이해하고 사용하는 것이 성공적인 실험 결과의 열쇠입니다.
궁금한 점이 있다면 언제든지 댓글이나 문의 남겨주세요!

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