면역 세포를 분류하는 다양한 마커가 있습니다.
세포의 특징을 보여줄 수 있는 Antibody를 여러 개 붙이고, FACS를 이용하여 분석하지요.
Antibody의 형광을 측정하고, Gating 하면서 분석된 세포가 어떤 세포인지 알아봅니다.
FACS를 가끔 쓰는 사람으로써, 그리고 면역학 연구를 하지 않았기 때문에 다양한 세포들 사이에서 내가 원하는 세포의 구성과 변화를 볼 일이 많지 않았습니다.
하지만 Cytof라는 분석 기술을 알게 되었습니다. 보통 FACS는 최대 4-5개의 형광을 분석합니다.
그래서 Gating하는게 몇 개 되지 않습니다.(FACS 하시는 분들이 들으면 분노하실 것 같습니다만.. )
형광을 이용한 분석법은 개수에 한계가 있습니다. 형광이 중첩되기 때문입니다.
하지만 cytof는 Antibody에 달린 metal을 검출하기때문에 중첩이 되지 않아 최대 40개 이상의 Ab를 검출할 수 있습니다.
이 말인즉슨, Gating을 어마어마하게 해야 합니다.
하지만 이렇게 여러 개의 마커를 gating을 연습하는 의미가 있다고 생각합니다.
전체 면역세포를 분류하는 방법에 대한 고민을 하게 되고, 게이팅을 어떻게 해야 원하는 결과를 얻을 수 있을지 고민하게 됩니다.
실제로 회사에서 제공하는 마커 패널이 아닌 커스텀 패널을 만드는데 여러 번 게이팅 전략을 짜 보고 어떤 마커를 써야 원하는 결과를 얻을 수 있을지 고민하게 됩니다.
4-5개 마커를 사용하시는 분들도 한번 아래 내용을 참고하시고 생각해보신다면 많은 도움이 되리라 생각됩니다.
저 많은 마커들이 각 면역 세포들의 표면에서 발현되어 어떤 세포인지 알려주는 마커입니다.
이것은 한 예시입니다.
굵은 글씨를 따라 게이팅을 하면 원하는 세포를 분류할 수 있습니다.
17개의 마커를 이용하여 Human peripheral blood phenotyping은 위에 것보다 절반이나 적은 마커를 가지고 있지만 게이팅 하기는 쉽지 않습니다. 하지만 따라 하면 될 것 같아요.
위의 Ab 패널을 이용하여 PBMC에 있는 다양한 세포를 분류할 수 있습니다.
이렇게 분류하면 Cytobank와 같은 프로그램에서 tSNE 그림을 만들 수 있습니다.
전체 세포 구성이 뭉게구름처럼 표현되고, 어느 구획이 어떤 세포인지 어떤 마커를 발현하는지 알수 있습니다.
면역세포를 분류하는 방법은 많이 있고, 실험실마다 노하우가 있겠지만 fludidigm이라는 회사에서 제공하는 패널을 정리한 내용을 전해드리려고 합니다.
FACS를 이용하시는 분들이나 면역학을 공부하시는 분에게 도움이 되면 좋겠습니다.
자세한 내용은 첨부파일을 참고 바랍니다.
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