Primer 제작 - specificity 확인 방법

 

<유전자 분석을 위한 primer 제작>에서 primer를 제작하는 방법을 말씀드렸습니다.

(클릭 클릭)

몇몇 분이 디자인한 primer가 타깃 유전자만 specific 하게 결합하는지 알고 싶어 하셨습니다.

저도 이후 과정을 적어야겠다고 생각했는데 시간이 없어서 적지 못했습니다.

사실, 복잡한 과정이 아니라서 간단하게 적어보겠습니다.

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먼저 NCBI에 들어가셔서 맨 아래 <Primer-Blast>를 클릭해서 들어갑니다.

다른 내용은 잘 모르겠고, 빨간 박스만 채워줍니다.

빨간 박스에 위에 <유전자 분석을 위한 primer 제작>에서 제작한 sequence를 붙여 넣습니다. forward / reverse sequence를 잘 넣어줍니다.

저는 SMAD2를 detection 하는 primer를 제작하였습니다. 

아래 보시면 <Get Primers>를 클릭해줍니다.

*제가 t를 하나 빼먹어서 다시 적었습니다. 아래 결과는 제대로 된 결과입니다. 

이런 화면이 나오면 <Check>를 누르시면 다음 화면으로 진행됩니다.

"짜잔"

보시면  SMAD2에서는 정확히 상보적인 결합을 이루는 것을 볼 수 있습니다.

그리고 밑으로 내려보시면 CACNA1 E 같은 알지 못하는 유전자에도 결합할 가능성을 보여줍니다. 하지만 미스매치가 3개 정도 됩니다.

그럼 괜찮습니다. 

그 밑으로, SMAD5나 SMAD1 같은 유전자를 조절할 수 있다고 보여주지만 이 또한 미스매치가 많아서 괜찮을 것 같습니다.

SMAD2만 Detection 할 Primer가 완성되었습니다. 이후에는 업체에 보내셔서 주문하시면 됩니다.

만일, 실험실에 돈이 많다면 업체에 Primer design을 의뢰하시면 됩니다.

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간단한 확인 방법이었습니다^^

여러분에게 도움이 되길 바라며, 또 궁금한 점 있으면 댓글 달아주세요.

아는 부분은 가르쳐드리겠습니다.