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스피어만 상관분석 (Spearman's correlation) 방법

실험을 하다보면 세포에서 어떤 A유전자의 발현 정도와 B유전자의 발현 정도가 상관있는지 확인할 필요가 있습니다. 변수간의 관련성을 평가하는 방법입니다. 자세한 내용들은 인터넷을 찾으면 자세히 나옵니다. 왜 스피어만 상관분석을 알아야 할 까요? 스피어만 상관분석뿐만 아니라 통계적인 방법을 알고 있으면 하나의 실험을 하더라도 두개의 그림을 만들 수 있기 때문입니다. 공짜 데이터를 얻을 수 있다는 점에서 알아두면 유익하다고 할 수 있습니다. 데이터 하나 만들기가 얼마나 어렵습니까! 통계적인걸 알아두면 좀더 논문이 풍성해 보일 겁니다. 저는 간단하게 Spearman's correlation coffeicient (스피어만 상관계수)부터 말씀드리겠습니다. Rs값으로 표시되는 상관계수는 데이터간에 상관성을 나타내는..

유전자 분석을 위한 Primer design.

원하는 target gene의 발현을 확인하기 위해서는 유전자에 맞는 primer가 필요합니다. 숙달되신분들은 쉽게 만들겠지만 저는 초보자를 위한 방법을 적겠습니다. 순서대로 따라오시면 누구나 하실수 있습니다. 화이팅! 우선, 분석하려는 유전자의 variant들이 몇개씩 있습니다. 공통된 부분의 sequence를 찾아야지, 특정 variant의 sequence를 타겟하면 그것만 선택적으로 detection 하게 됩니다. 순서는 다음과 갔습니다. 1. target gene의 variant들의 공통적인 sequence를 찾아야합니다. 2. 공통적인 sequence를 이용하여 primer를 제작합니다. 1번이 조금 시간이 걸리지만 blast를 이용해서 쉽게 찾을 수 있고. 2번 같은 경우는 업체에서 제공하는 ..

철학?! 비트겐슈타인만 알면 된다.

철학이 뭔가요? 이과생으로 태어나서 '사는 것이 무엇인지' '행복이 무엇인지' '인생이 무엇인지' '도덕이 무엇인지' "내가 알게 뭐냐!" 하며 살아온 저에게 철학은 저 멀리 안드로메다 외계인이 라면에 밥 말아 먹는 소리나 마찬가지입니다. 철학이 별거입니까? 제가 도덕을 정의 해주겠습니다. 도덕은 사람들 사이의 약속. 인생은 말이죠. 인생은 소명입니다. 행복은 만족입니다. 철학은 삶의 이야기. 이로써 모든 철학의 문제는 다 해결된 건가요? 이렇게 철학이 단순하면 좋을 것 같습니다. 복잡한 철학이야기에 매력적인 한 사람을 만났습니다. 바로! 루트비히 비트겐슈타인 입니다. 비트겐슈타인의 철학을 소개하려고 합니다. 물론 저는 얇-게 생선포를 뜨듯이, 간략하게 이야기 할 것입니다. 저는 이과생이거든요. 철학은 ..

[철학자와 늑대]-동물 키운다면 이 정도 철학은 있어야는거 아냐?

철학자와 늑대는 이동진, 김중혁 작가의 에서 소개하는 책 중에 하나 입니다. 읽을 때는 그렇게 재미있다고 생각하지 못했습니다. 그런데 도서관에 꽂혀져 있는 보니 가볍게 읽기 좋겠다는 생각으로 집어 들었습니다. 앞 서문만 잠깐 봤습니다. 서문만 봐도 작가 마크 롤랜즈가 얼마나 글을 잘 쓰는지 느껴지더군요. 차분하면서 담담하게 쓴 글이 마음에 스윽 스며들었습니다. 늑대와 살면서 느꼈던, 깨달았던 이야기들을 철학적인 이야기와 잘 버무려 이야기 합니다. 자연의 것을 인간 세계로 데려와 사는 것이 동물을 사랑하는 사람의 위선처럼 보이지만 이것을 마크 롤랜즈는 이것을 철학적으로 '핑계'를 잘 대던지 훌륭했습니다. 반려견, 반려묘를 키우시는 분이라면 꼭 한번은 읽어보시면 좋을 것 같습니다. 요즘처럼 동물을 사랑하는 ..

소설 더 로드 (THE ROAD)/코맥 매카시

오늘은 소설 에 대해 이야기해보겠습니다. 저는 최근에 와서 이 책을 보게 되었습니다. 그런데 이렇게 암울한 책은 처음입니다. 도스토옙스키의 과 같은 책을 읽어보면, 그려지는 이미지가 있죠. 가령, 우중충한 구름, 회색빛 도시, 재에 덮인 땅, 병든 사람, 마른 사람, 고뇌와 갈등, 광기, 죽음. 마음에 연민과 고뇌로, 한없이 자신의 밑바닥을 보는 기분이 듭니다. 읽고 나면 마음 한편이 씁쓸함과 안타까움이 있죠. 하지만!! 여기 그 끝판 왕이 있습니다! 의 주인공인 '아버지와 아들'이 도스토옙스키의 소설 속으로 간다면 "이렇게 살기 좋은 곳이 있나! 지상낙원이구나!"라고 했을 겁니다. 도스토옙스키의 작품이 회색이라면 로드는 그냥 검은색입니다. 이보다 암울할 수 없다. 의 배경은 지구가 불타고 재만 남은 상..

인류의 운명은 어떻게 결정되었는가 - 총,균,쇠

총,균,쇠 [양장본] 국내도서 저자 : 제러드 다이아몬드(Jared M. Diamond) / 김진준역 출판 : 문학사상 2013.03.04 상세보기 의 저자 재러드 다이아몬드 박사는 이 책으로 퓰리처 상을 받았고, 학계나 일반 대중에게 문명을 바라보는 시선에 굉장히 영향력을 미치기도 했습니다. 현대 사회에 만연해 있는 불평등에 대해서, 국가 단위에서도 어떤 나라는 가난하고 어떤 나라는 부유하지, 오늘날 세계의 부가 불평등한 근본적인 원인은 무엇인지에 대해 다룬 굉장한 책이지요. 이 책의 성격이 워낙 다양합니다. 어떻게 보면 마르크스시즘처럼 결정론이기도하지만, 마르크시즘이 경제결정론이라면 는 지리결정론입니다. 가 탁월한 점은, 이 책에 실린 사례들이 풍부하고 매우 재미 있기때문이지만 무엇보다 1만 3000..

[첫 논문을 쓰기 위한 방법]두려워마라 어린영혼이여

"I am pleased to inform you that after re-review, your manuscript, "MiR-27~~"has been accepted for publication in "Molecular~" 감사하게도 이번에 논문이 나왔습니다. 일명 '쓰레기' 라고 불렀던 제 연구였습니다. 쓰레기라고 무시했던 녀석인데 예상 외로 잘 커서 고마웠습니다. 다들 자신이 하는 주제들, 연구들이 남들에 비해 비해 부족하게 보입니다. 하지만 또 이렇게 논문이 나오면 '못나도 내 자식이구나' 라는 생각에 애지중지하지요. 소심하게 지인들에게 자랑도 했습니다. 토요일 아침 잠결에 위 이메일 봤습니다. 기분이 너무 좋았습니다. 그리고 문득 '나도 많이 컸네' 라는 생각이 들더군요. 처음 논문을 쓸 때를..

카테고리 없음 2022.01.10

요즘 인기좋다고 해서 먹었봤습니다.스타벅스_티라미수 타르트

친구가 스벅에서 커피를 사줬어요. "케이크도 먹을래?" 하길래 싫다고 했죠. 하지만 영롱하게 빛나는 티라미수 타르트를 본 순간 먹어보자 하면서주문했습니다. 가격인 7,500원인것은 나중에 알았죠. 비싸긴 하다~친구에겐 미안~ "자 떠나자. 어디든" 코로나 시국에 가긴 어딜 가나~! 위 마스카포네 크림이 아주 폭신하고 가벼울 것처럼 보이지만 그렇진 않습니다. 아래 브라우니 타르트 위에 밀크 가나슈 그리고 마스카포네 크림. 맛있게 먹었지만 가격이 좀 사악하다는 느낌을 지울 순 없습니다. 친구카드라 다행~ㅎㅎ

판교 현대백화점_판교 아브뇽프랑 챔피온 키즈카페

반찬을 쓰고 아이들과 함께 판교 현대 백화점에 왔습니다. 어린이집이 방학이라 집에서 티브이만 볼 거 같아서 집 밖으로 나오면 뭐라도 아이들에게 좋을 것 같아서 나왔습니다 어릴 때는 나도 티브이 주야장천 많이 봤는데, 내 아이들이 그런건 좀 속상하더라고요. 현대 백화점에서 밥도 먹고, 서점에서 아이들 가지고 싶은 책도 하나씩 샀습니다. 한 4-5살인가. 추운 겨울밤. 아버지가 동화책을 사 오신 게 아직도 기억이 납니다. 그런 기억이 아이들에게도 심어지면 좋겠는데 욕심이겠죠!~ 판교 현대 백화점 1층에는 H- village가 설치되어 있습니다. 하얀 건물 속으오 들어가면 아주 작고 이쁜 숲이 나옵니다. 저 마스크 좀 벗기고 이쁜 얼굴을 찍어 주고 싶은데 언제 코로나가 끝날 런지요~ 지금까지는 어른들을 위한 ..

며느리의 정성스런 생신상

아버지 생신겸 새해 축하 파티(?)를 했습니다. 1월 1일 트레더스는 사람들이 바글바글 했습니다. 다들 1일날 갈 곳이 없나봅니다~ 훈제 연어도 동이 나서 구이용 연어와 가리비를 사왔습니다. 미역국 할 재료도 샀구여. 우리 와이프의 놀라운 솜씨로 후다닥 음식을 준비했습니다. 많은 음식을 준비해주신 와이프에게 감사~! 부모님과 고모와 친척동생까지 와서 맛있게 먹었답니다.